水科學與水工程國際聯(lián)合研究中心依托水利部交通運輸部國家能源局南京水利科學研究院（簡稱“南科院”）建設(shè)，于2014年通過科技部認定，成為國家國際科技合作基地。

     國家國際科技合作基地是指由科學技術(shù)部及其職能機構(gòu)認定，在承擔國家國際科技合作任務(wù)中取得顯著成績、具有進一步發(fā)展?jié)摿鸵龑?dǎo)示范作用的國內(nèi)科技園區(qū)、科研院所、高等學校、創(chuàng)新型企業(yè)和科技中介組織等機構(gòu)載體，包括國際創(chuàng)新園、國際聯(lián)合研究中心、國際技術(shù)轉(zhuǎn)移中心和示范型國際科技合作基地等不同類型。國合基地的建立旨在更為有效地發(fā)揮國際科技合作在擴大科技開放與合作中的促進和推動作用，提升我國國際科技合作的質(zhì)量和水平，發(fā)展“項目－人才－基地”相結(jié)合的國際科技合作模式，使國合基地成為國家在利用全球科技資源、擴大科技對外影響力等工作中的骨干和中堅力量，并對領(lǐng)域或地區(qū)國際科技合作的發(fā)展產(chǎn)生引領(lǐng)和示范效果。到目前為止，科技部先后共認定了29個國際創(chuàng)新園、169家國際聯(lián)合研究中心、39家國際技術(shù)轉(zhuǎn)移中心和405家示范型國際科技合作基地，形成了不同層次不同形式的國際科技合作與創(chuàng)新平臺。

     南科院的前身是建于1935年的中央水工試驗所，為我國最早的綜合水科學研究機構(gòu)，2001年被確定為國家級社會公益類非營利性科研機構(gòu)。主要從事基礎(chǔ)理論、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)開發(fā)，承擔水利交通能源領(lǐng)域具有方向性、關(guān)鍵性和綜合性的科學研究，擁有40多個具有優(yōu)勢和特色的專業(yè)研究方向、1個國家重點實驗室、4個部級重點實驗室和4個部級工程研究（研發(fā)）中心，在國內(nèi)外具有重要影響。

      中心目前的正式合作伙伴包括了來自荷蘭、英國、美國、保加利亞、瑞典、比利時等國的7家國外頂尖水科學研究院所及高等院校，近年來開展了“多層次、多領(lǐng)域、多渠道、多形式”的國際合作活動，合作網(wǎng)絡(luò)不斷拓展擴大，在水科學與水工程領(lǐng)域取得了豐碩的國際合作成果，是我國在該領(lǐng)域外科技交流與合作的重要窗口和渠道之一。